Глава расы Вортов, Нихилант, через Доктора Брина, администратора Чёрной Месы, подстроил это явление для того, чтобы его народ смог бежать от Альянса на Землю, завоевав ее.

При тестировании очередного образца кристалла из Ксена, проводимого Гордоном Фрименом, произошла авария (которую через Брина и подстроил Нихилант).

Катастрофа повлекла за собой Портальные штормы, благодаря которым Ворты и прочие обитатели Ксена начали телепортироваться на Землю.

Через несколько часов после резонансного каскада на территорииЧёрной Месы высаживаются и размещаются отряды Боевого подразделения по контролю враждебных проявлений окружающей среды «HECU». Согласно директиве, в их задачу входит: любым способом уничтожить инопланетную угрозу, а также скрыть инцидент, что подразумевает ликвидацию как пришельцев, так и персонала комплекса.

Поначалу высокое преимущество военных постепенно снижается, и им приходится вести ожесточённые бои как с представителями цивилизации Зена, так и с новоприбывшей расой X.

С помощью выжившего персонала Чёрной Месы Гордону Фримену удаётся пробраться через комплекс.

Через некоторое время в стан инопланетного врага прибывает пополнение в лице представителей «расы X», пришельцы начинают побеждать, повышая потери HECU, чьи войска поспешно эвакуируются.

Правительство, в свою очередь, посылает новые силы — спецотряды «Black-Ops», которые, согласно всё той же директиве, устраняют пришельцев, персонал Чёрной Месы, а также не успевших покинуть комплекс солдат HECU.

Однако, оттеснив войска цивилизации Зена, даже они не могут справиться с существами расы Х, несут серьёзные потери и вскоре эвакуируются из комплекса, заложив ядерные боеголовки.

На ранних стадиях инцидента несколько членов научной команды Чёрной Месы, оперируя сравнительно неповреждённым комплексом Лямбда, пытаются закрыть межпространственные порталы между Землёй и Зеном, запустив геостационарный искусственный спутник на орбиту.

В конце концов чудом выживший Фримен достигает комплекса Лямбда и посредством телепорта перемещается в Зен, чтобы уничтожить Нихиланта — лидера пришельцев из Зена — цивилизации Ворт, так как по предположению учёных его смерть закроет пространственный разлом между мирами и покончит с вторжением.

Несмотря на все произошедшее, окончательная судьба базы Чёрной Месы неизвестна, однако похоже, что большая часть комплекса была уничтожена ядерными зарядами, заложенными оперативниками «Black-Ops» в конце Opposing Force.

Хотя большая часть персонала погибла, несколько членов научной команды и остального персонала выжили во время инцидента и эвакуировались.